Zekeriya As.'ın şehit edilmesinden sonra ,Mescid-i Aksa'da başkanlığı Malaki yürütüyordu.Yahya As.'da annesi ile birlikte yaşamını sürdürerek,Malaki'den Tevrat ve Zebur'u tahsil ediyordu.Bu devirde oraarı istila etmiş olan Roma'lılar da kendi çok tanrılı dinlerini yaymaya çalışıyorlardı.Hz.Yahya 'ya Allah-u Teala tarafından küçük yaşlarda ,hikmet ve günahlardan paklık verilmişti.Yahya As.çok takva sahibi idi,annesine ve babasına ihsankardı,zorda ve isyankar değildir.(Meryem,12-14)Cenabı Hak,Yahya As.'a hem doğduğu gün,hemde öleceği gün,hemde diri olarak kaldırılacağı gün için selamet bahşetmişti.(Meryem,15) Yahya As.on yaşlarında iken,hem annesi,hemde başkanlık yapan Malaki vefat etmişti.Mescid-i Aksa'Nın başkanlığını Yahya As.üstlenmişti.Hz.Yahya'nın küçük yaşta başkan olması,Romalılar tarafından yadırganıp,alay konusu olduysa da ,onun üstün hikmet ve meziyetleri karşısında kabullenmek zorunda kaldılar.

İsa As'ın doğumundan,yani milattan on yıl kadar sonra,Hz.Yahya peygamberlikle görevlendirildi.Yahya As.ilk olarak Hz.Meryem'i,Hz.İsa'yı ve Yusuf Neccar'ı yanına davet etti.Bir müddet birlikte yaşadılar.Daha sonra İsa As.Hz.Meryem ve Yusuf Neccar ,Yahya As.'ında onayını alarak Nasıra'ya gidip oraya yerleştiler.Hz.İsa orada Yusuf Neccar'ın mesleği olan marangozluğa devam etti.

Yahya As. Peygamberlik görevini sürdürerek,halka,usule uygun olarak su ile temizlenmeyi ve tövbe ederek günahlardan arınmayı öğretiyordu.Bu ameliyeye tövbe vaftizi adını verdi.Halk bu işlemi benimsedi.Hz.yahya'nın önderliğinde erdem nehrinde yıkanıp,tövbe ederek bu işlemi uyguluyorlardı.Hz.Yahya,halka sık sık Tevrat'ın bildirdiği son peygamberin (Hz.Muhammed SAV'ın)geleceğini müjdeleyerek,vaazlar veriyordu.Bu husus daha sonra,Hz.İsa'ya indirilen İncil'de de teyid edilmiş olup ,İsa As.'da halka beyan etmiştir.(Araf,157)

Rivayet edildiine göre,Hz.Yahya otuz yaşlarında iken zeytin dağındaki bahçesinde dinlenmekteydi.İsa As.yanına gelerek kendisine peygamberlik tebliğ edildiğini ve Allah-u Teala tarafından İncil adlı kitabın bahşedildiğini müjdeledi.Zaten beklemekte olduğu bu hali öğrenen Hz.Yahya ,Hz.İsa'ya ve İncil'e tabi olarak,İncil'in hükümlerine göre amel etmeye ve halka da öğretmeye başladı.

Bu sıralarda İsrailoğullarının valiliğini Herod(Antipas-Hiredus) adındaki bir kişi yapmaktaydı.Herod bir rivayete göre kardeşinin kızı,diğer bir rivayete göre ise üvey kızı ile evlenmek arzusunda idi.Bu kızla gayri meşru olarak yaşamaya başladı.Din hükümlerine uymayan ve dini görevlerini de yerine getirmeyen vali Herod,halkın tepkisine yol açmamak için Yahya As.'dan ,Tevrat hükümlerine göre bu kızla nikahlarını kıymasını istedi.Hz.Yahya ona,İsa As'a peygamberlik ile yeni bir şeriat olan İncil'in gönderildiğini,böylece Tevrat hükümlerinin kalktığını,İncil hükümlerine göre ise bu kızla evlenmesinin mümkün olmadığı bildirdi,nikahı kıymayı reddetti.Bu duruma öfkelenene Herod,Hz.Yahya'yı zindana attırdı.Onun yerine Mescid-i Aksa'nın başkanlığına,kendi düşünceleri doğrultusunda hareket eden birini getirdi.Herod daha sonra evlenmesini onaylamayan Yaha As.'ın başını kestirerek onu şehit ettirdi.Bu meyanda Mescid-i Aksa'nın yönetimine layık olmayan kişilerin getirilmesi,muhtemelen Tevrat'ın büyük ölçüde tahrif edilmesine sebep olmuştur.