15. yüz yılın başlarında Erzincan'ın Keleriç (Karakaya) köyünde doğmuştur. Zamanın önde gelen âlimlerinden olup, ilimde yüksek dereceye ulaştıktan sonra, devrinin ünlü müderrisleri arasına girmiştir. Halveti Tarikatının ileri gelenlerinden, Seyyid Yahya Şirvanî Hazretlerinin baş halifelerindendir. Tasavvuf yoluna girmesine ise bir rüyası sebep olur.

"Bir gece rüyasında engin bir deniz görür. Derya kıyısına gelip o deryadan geçmeyi arzu eder. Burada birçok gemi vardır. Her biri yolcularını almış, yelken açmak üzeredir. Şeyh Muhammed Bahaeddin Efendi, bunlardan birine binmek ister fakat, gemiciler mani olurlar. Bu hale şaşırıp hayret eder. O arada:

"Bu gemilerin sahibi Seyyit bir zattır. Git hizmetine gir ve ondan izin al. O zaman binebilirsin. Yoksa seni kimse gemiye almaz ve buradan geçemezsin. O zatın ismi Yahya Şirvani'dir." diye gemilerin birinden gelen bir ses işitir. Bunun üserine, Pir Muhammed Bahaeddin Hazretleri, Seyyit Yahya Şirvanî Hazretlerini bulur ve halini anlatır. Seyyit Hazretleri ona, "Nasibin varmış" deyip kendi gemisinde yer gösterir ve birlikte yola çıkarlar."

Bu rüyanın tesiriyle uyanan şeyh, derhal yol hazırlığını yapar ve medresedeki talebelerine icazetlerini verdikten sonra yola çıkar. Neticede, Şirvan'a gelerek Seyyit Yahya Hazretlerinin dergâhını bulur. Pir Muhammed Bahaeddin Hazretlerini karşısında gören Seyyit Yahya Hazretleri: "Ey Molla Muhammed, o gemiler Halvetî yolunun yolucularıdır. Yolumuz kolay ve güzeldir. Hoş geldin" der.

Geldiği dergâhta yetiştikten sonra, hocasından icazet alan Şeyh Muhammed Bahaeddin Hazretleri, Erzincan'a gelerek Keleriç'te bir mescit ve dergâh inşa ederek ilim ve edep öğretmeye başlar. Cuma günleri Erzincan'a gelir, Camii Kebir'de insanlara vaaz ve nasihatte bulunur, hikmetli sözler söyler. Ona bağlanan, ondan istifade etmek isteyen çok sayıda insan vardır. Önde gelen talebeleri: Pir Muhammed, Pir Fettullah, İbrahim Mükemmil ile Çelebi Halife Hazretleridir. Vefatından sonra Çelebi Halife yerine geçip hizmetlerini devam ettirmiştir.

Bursalı Mehmed Tahir Bey, onun Hicri 879 (M. 1474) de Erzincan'da vefat ettiğini ve Camii Kebir yanına defnedildiğini kaydetmekte ise de, Ali Kemali Bey, onun Keleriç'te medfun bulunduğunu ve mezarının hiç bir nişan taşımadığını kaydeder.

Hicri 873 (M. 1468) de Erzincan'da yazdığı Makamatü'l Arifin ve Maarifü's Salikin adlı tasavvufa yönelik manzum (Türkçe) eserinin Manisa ili Muradiye Kütüphanesinde bulunduğu bilinmektedir.

Aşağıdaki manzume bu eserden alınmadır:

Tevekkül eyledik ismine anın
Ezelden olunan kısmına anın
Ki zatın eyledi ismine mebde
Bir ismi bin bir isme oldu menşe.
.....
Sekiz yüz yetmiş üçündeydi hicret
Ki tahrir oldu kılletü kesiret
Tamam zikridir anın sübhenallah
Ana yüz bin şükür elhamdülillâh.

Tamam oldu kitabı ruzi arefe
Okursan hâsıl ola men arefe
Eğerci bunun elfazı türki
Veli manaya bak ki can gör ki
Ki tahrir oldu bu Erzincan'da.

Kerametleri görülmüştür:

1) Bir yaz günü sabah namazından çıkıp talebelerine: "Erzincan'a inmek dileriz. Sevdiklerimizden arzu eden bizimle gelsin" buyururlar. Kırk talebesiyle hareket edip, Erzincan'a gelir. Camii Kebir'e gidip halvete girerek kırk gün ibadetle meşgul olmak isterler. Talebeleri onun bu haline şaşırıp: "Efendim, şimdi hasat mevsimidir. Erbaine ve halvete girmek için münasip midir?" diye arz ederler.

Bunun üzerine Pir Muhammed Bahaeddin Hazretleri, "Doğru söylersiniz lâkin, Allahû Tealâ bu beldeye yakında bir zelzele takdir etmiştir. Bu belânın geri çevrilmesi için bizlerin münâcaât etmesi, yalvarması lâzımdır. Umulur ki, içimizden birinin duası kabul olur da halk kurtulur" buyururlar. Sonra Camii Kebir'de ibadetlerine devam ederler. Bir ara yanındakilere dönüp, "Bize ilham edildi ki, "Ey Pir Muhammed, eğer bu belânın geri çevrilmesini istersen bizim yanımıza gelmelisin." "Şimdi kim bizimle beraber şahadet şerbetini içmek isterse burada kalsın. Eğer bir miktar daha dünya hayatını yaşamak arzu edenlere de biz izin veriyoruz, dışarı çıkabilir. Bu gece bizimle birlikte olmasınlar" buyurdu. Bunun üzerine talebelerinden yedi kişi hariç diğerleri camiden dışarı çıktılar. O gece kuvvetli bir zelzele oldu. Camii Kebir yıkıldı. Yedi talebesi ile beraber Muhammed Bahaeddin Efendi şahadet şerbetini içtiler. Camiden başka hiç bir yerde zarar vuku bulmadı. Şehir ahalisi durumu öğrenince büyük bir üzüntüye düştü. Allahu Teâla'nın hikmeti deyip, Muhammed Erzincani ve yedi talebesini defnettiler. 2) Mübarek cesetlerinin gasli esnasında orada bulunanlardan bazıları ileri geri konuşup, "Veli olsaydı böyle bir ölümle ölmezdi" dediler. O zaman MUhammed Erzincani Hazretleri, Allahu Teâla'nın kudretiyle dile gelip, "Ey benim halimi bilen Rabbim, sana güveniyor, sana sığınıyorum" diye yüksek sesle konuştu. Bunu işiten gafiller hayretler içinde kaldı ve tövbe istiğfar edip onun büyüklüğünü anladılar.

Bu iki hadisenin Erzincan şehir merkezinde vuku bulduğu anlaşılmaktadır. Bursalı Mehmed Tahir Bey'in "Camii Kebir yanına defnedildi" kaydının dayanak noktası da bu olsa gerektir.

Yine bir diğer önemli hadise şudur:

Erzincan, bir zamanlar Erbiloğlu hâkimiyetine girer. Erbiloğlu, kumandanlarından Kaçarlı Han'ı Erzincan'a gönderir. Bu zat, Pir Muhammed Bahaeddin Hazretlerinin kabrine gidip, hakarette bulunur ve elindeki topuz ile kabir taşına vurup, sarık kısmını kırar. Atına binip oradan ayrılmak ister. Ancak at bir adım atmadan ayakları kırılıp yere çakılır. Kaçarlı Han'ın da kemikleri birbirine geçer. Öyle ki bir kılıç darbesiyle parçalanmış gibi birbirinden ayrılır. Hemen oradaki bir çukura gömerler.

Himmetleri üzerimize hazır ve daim olsun.